在香菇生产的过程中，常受到病虫的危害，如果防治不利，会使香菇栽培陷入恶性循环的境地，轻则造成减产，重则栽培失败，所以，一定要引起高度重视。
木霉又称为绿霉菌，广泛分布于各种植物残体、土壤和空气中。木霉靠孢子传播，常借助气流、水滴、昆虫、原料、工具及操作人员的手、衣服等为媒介，侵入培养基内，一旦条件适宜就萌发繁殖为害。当生产环境不清洁、培养料灭菌不彻底、接种操作不严格，且处于高温高湿条件时，就给木霉侵染造成良机，尤其是多年的菇场和老菇房，常是木霉猖獗危害的场所。
危害香菇生长的所有杂菌中，木霉威胁最大。木霉适应能力强，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌丝生长。木霉能生长在生长势减弱的香菇菌丝体上，使香菇组织细胞溶解死亡。
木霉在4～42℃范围内都能生长，孢子萌发喜高湿环境，侵害香菇培养基时，初期为白色棉絮状，后期变为绿色。菌种如果被木霉危害，必须报废，即使轻度感病的菌种也应弃之不惜。
木霉至今没有理想的根治性药物，常用的杀菌药，对木霉只是抑制，而不是杀死，加大药量，只能同时杀死木霉和香菇菌丝。因此，创造适合香菇菌丝生长而不利于木霉繁殖的生态环境，是控制危害的根本措施。
一旦发生木霉为害，要立即通风降湿，以抑制木霉菌的扩展，处于发菌阶段的培养料感病以后，可采用注射药液的方法抑制木霉扩张，常用的药液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1：200倍的50％多菌灵、75％甲基托布津、pH值为10的石灰水，此外，往污染处撒白灰面，防治效果也很好。
链孢霉生长初期呈绒毛状，白色或灰色，生长后期呈粉红色、黄色。大量分生孢子堆集成团时，外观与猴头菌子实体相似，链孢霉主要以分生孢子传播为害，是高温季节发生的最重要杂菌。链孢霉菌丝顽强有力，有快速繁殖的特性，一旦大发生，便是灭顶之灾，其后果是菌种、培养袋或培养块成批报废。
防治链孢霉，首先应尽可能的避免在高温季节生产。在香菇发菌阶段温度最好控制在20℃以下，这样链孢霉生长缓慢，可减少污染。香菇发菌场所潮湿有助于链孢霉的发生，所以控制发菌场所的湿度就可以轻松又有效地防止链孢霉发生。链孢霉的药物防治可参照木霉的防治。菌袋生产时，假如发现链孢霉，要在分生孢子团上滴上柴油，可防止链孢霉的扩散。菌袋发菌后期受害，一般不要轻意报废，可将受害菌袋埋入深30－40厘米透气差的土壤中，经10－20天缺氧处理后，可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。
毛霉又叫黑霉，长毛霉，菌丝初期白色，后灰白色至黑色，说明孢子囊大量成熟。该菌在土壤、粪便、禾草及空气中到处存在。在温度比较高、湿度大、通风不良的条件下发生率高。生长速度明显高于香菇菌丝，毛霉菌丝体每日可延伸3厘米左右。
毛霉在香菇菌丝体培养期间侵染时，蔓延速度快，数日内便能布满基质，而受害的香菇菌丝则生长缓慢，步履艰难，尽管最终仍能伸达基质各处，但香菇菌丝已无正常浓白色，而是呈灰黄色。
发生的根本原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行菌丝培养等等。防治方法同木霉。
螨类包括红蜘蛛、菌虱。其发生环境主要潜藏在厩肥、饲料和培养料内，鸡窝畜舍，谷物仓库或环境条件差，腐殖质丰富的场所，往往有大量的螨类存在。螨类非常微小，发生初期常被忽视，一旦爆发易酿成大灾。螨类在香菇生产的各个阶段均会造成为害，取食香菇菌丝体及子实体。
培养基发螨害后，接种部位的菌种块不萌发或萌发后菌丝外观稀疏暗淡，并逐渐萎缩，严重时培养料中的菌丝会被全部吃光，造成栽培失败。
搞好培菌场所的环境卫生，可有效地杜绝螨害的发生。对发生螨害的培菌室，在重新使用前用敌敌畏等药物熏蒸杀螨。菌丝体培养期间可喷洒1000倍液的三氯杀螨醇或500倍液的克螨特效果较好。子实体培育期间不宜用药，否则菇体易产生药害，食用后危害人体健康。
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