压力蒸汽灭菌处理方法的原理是经过分拣和破碎后的医疗废物在100 kPa，121cc的工艺条件下运行20 rain以上 ]，压力蒸汽穿透物体内部，使微生物的蛋白质凝固变性而被杀死;处理后的医疗废物送往卫生填埋场或进行焚烧处理。这种方法也适用于受污染的工作服、注射器、敷料、微生物培养基等的消毒，但是不适宜处理病理性垃圾，如人体组织和动物尸体等，对药物和化学垃圾的处理效率也不高。
压力蒸汽灭菌处理主要技术参数是温度、蒸汽质量和作用时间，废物进料尺寸会影响蒸汽穿透性，处理周期时间影响灭菌的彻底性，容器内空气去除不彻底可影响灭菌器内温度。
压力蒸汽灭菌技术相比之下具有投资低、操作费用低，易于检测，残留物危险性较低，消毒效果好，适宜的处理范围较广等优点。主要缺点是体积和外观基本没改变;可能有空气污染物排放，易产生臭气，不能处理甲醛、苯酚及汞等物质。
化学消毒法的实质就是将破碎后的医疗废物与一定浓度的消毒剂(次氯酸钠、过氧乙酸、戊二醛、臭氧等)混合作用，并保证其与消毒药剂有足够的接触面积和时间 ，有机物在消毒过程中被分解、微生物被杀灭。消毒药剂与医疗废物最大接触是保障处理效果的前提。利用旋转式破碎设备提高破碎程度，保证消毒剂能够将其穿透。化学消毒法适合处理液体医疗废物和病理方面的垃圾，最近也在逐步用于那些无法通过加热或润湿做消毒灭菌的医疗废物的处理。
决定化学消毒法效果的因素主要有消毒剂浓度和作用温度，根据废物性质选择拥有相对应pH值的消毒剂，废物和药剂接触混合时间、流体的再循环等也是重要因素。
化学消毒法的优点是工艺设备和简单易操作方便;除臭效果好;消毒过程迅速一次性投资少，运行的成本低。对于干式处理，废物的减容率高、不会产生废液或废水及废气。缺点是干式废物对破碎系统要求比较高，对操作的流程的pH值监测(自动化水平)要求很高。湿式废物回收处理过程会有废液和废气生成，大多数消毒液对身体有害。不适用于处理化学疗法废弃物、放射性废弃物、挥发和半挥发有机化合物。
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