保护设施下栽培韭菜，形式多种多样。一种是在韭菜栽培地，待韭菜回根后覆盖，使根株萌动生长的称盖韭；另一种是刨取根后的韭菜根株，重新囤栽到保护设施内，利用根株贮存的养分再生新株称囤韭。这两种栽培方式，如栽培是在有光照条件下产品色泽鲜绿的称青韭；栽培是在无光条件下色泽黄白、品质柔嫩的称韭黄。以青韭为例，无公害施肥技术如下：
①育苗养根：秋冬连续生产的韭菜，需当年播种，当年扣棚室，连续收割3～4茬，刨出韭根，倒茬生产其他蔬菜。选用适合秋冬连续生产的优良品种，如杭州雪韭、四川犀浦韭、河南291、山东独根红等。种子需经消毒，催芽播种育苗。
a．当年直播养根：春天土壤化冻后整地播种，加强苗期管理，当年冬初上冻后扣温室棚膜投入生产。该方式较二年生移栽养根后扣膜生产的质量和产量为低，但具有省工省地效益好等优点。
韭菜育苗宜选择排水良好、土壤肥沃、质地疏松、pH5.6～6.5的田块，避免与葱蒜类蔬菜连作，3～4年内未种过棉花的土壤，在冻前或来年春季化冻达20厘米时整地。每公顷施腐熟的优质有机肥75000～105000千克/公顷、过磷酸钙750千克/公顷或棉籽饼15000～22500千克/公顷，再加过磷酸钙2250千克/公顷、硫酸锌15千克/公顷，深耕细耙，土肥混匀，起垄或做畦，播种并覆盖地膜。
苗高10～15厘米时，结合浇水追施1次粪稀7500千克/公顷或150千克/公顷磷酸二铵。以后控水中耕除草，蹲苗壮秧，以防止倒伏烂秧。
立秋后韭菜生长旺盛，需加强肥水管理和病虫害防治。一般4～5天浇1次水，结合浇水，追施腐熟有机肥7500千克/公顷或磷酸二铵 450～750千克/公顷，加施草木灰1500～3000千克/公顷。有条件时可追施饼肥3000千克/公顷。20天后长势弱时可再追1次肥。
秋冬连续生产的韭菜，当年播种，当年收割。收割3～4刀后刨韭根。所以不论播种怎样早，不进入初冬，在露地韭菜尚未休眠前不收割。夏秋之际，有时生长过分繁茂时，容易倒伏，引起病害，可在叶鞘上8～10厘米处进行高割，结合松土培垄，控制浇水。地表即将封冻时要浇冻水，最好结合浇水追施粪稀或复合肥料。一般施粪稀7500千克/公顷或氮、磷、钾三元复合肥300千克/公顷。冻水是第一刀韭菜水分的来源，在保护地生产中至关重要。
在霜冻出现前覆盖温室塑膜，根据韭菜长势和市场行情，先收割第一茬上市，再盖薄膜或盖完膜后再收割第二茬韭菜。
b．移栽养根：为使韭菜植株生长整齐一致，提高产量和质量，有条件时最好进行育苗移栽。可分当年播种移栽养根和二年生移栽养根。可春播也可秋播。
一般每公顷温室约需4995平方米育苗地。春天地表化冻20厘米时，做1米宽、6～10米长育苗畦，每畦施腐熟农家肥50～70千克，深翻细耙。开4～5条浅沟播种，踏实耙平，覆膜保墒增温，促进早出苗。出苗后撒下覆膜。苗高10～15厘米时，结合浇水追施粪稀或复合肥，追粪稀 4500～7500千克/公顷或氮、磷、钾三元复合肥150～225千克/公顷。
棚室在前茬收获后，整地施肥，撒施腐熟农家肥75000～120000千克/公顷，深翻细耙，做畦或起垄。于6月下旬将育好的壮苗定植于浅沟中，并浇足缓苗水。当新叶长出变绿，结束缓苗时，应浇水追肥促发新根长叶，随水追施磷酸二铵150～300千克/公顷，并及时中耕培土，以后管理同直播养根。
②扣膜后肥水管理：韭菜生长前期，气温低，温室密闭，水分蒸发量少。一般浇足封冻水和追过肥的地块，在第一茬收割前不追肥浇水。从第一茬收割后开始，每次收割后马上松土。待长出新叶后浇水，随水追施磷酸二铵450～750千克/公顷。追肥浇水应结合培土。株高10厘米以上时进行培垄，株高 20厘米左右时二次培垄，把复合肥撒在垄沟中，培完土顺沟浇水，在收割1～2天再浇1次水。
下茬栽培黄瓜的温室，第二茬收割完后在垄间定植黄瓜，温湿度调节和肥水管理应根据黄瓜需要进行。
单一生产韭菜的温室，第三茬和第四茬韭菜生长期间需要大放风，延长放风时间，在韭菜15厘米左右追肥浇水，每次施腐熟饼肥4500千克/公顷，或腐熟人粪尿15000千克/公顷或氮、磷、钾三元复合肥300千克/公顷。有条件时单独追施1次草木灰2500千克/公顷。第五茬韭菜与露地韭菜同时生长。为防止高温危害出现黄化、干尖、根腐等病害，应浇水放风、控温。
由于保护地韭菜生产生长期长，收割次数多，施肥养根很重要。因此，保护地栽培施肥量比露地增加10％～20％，尤其秋末春初，应增施有机肥，如粪尿、马粪、草木灰等以提高地温，提早上市。
地膜韭菜栽培易出现土壤酸害，应在扣膜前施石灰或草木灰以调节土壤酸度，同时应施大量腐熟有机肥，提高土壤缓冲能力。扣膜后出现酸害时，可用硝酸钙肥液灌根，效果良好。
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