农药大量施用后，造成农药残留或深入地下水，对水源也造成污染。近几年大蒜价格低主要是因为农药残留超标，国外收购商取消收购，导致的。我们自己食用的也可能检验不合格，只是国内民众的觉悟没那么高，再就是自己化验的成本太高。普通民众承担不起。
有机农药可分为有机磷农药、有机氯农药、有机氮农药、有机硫农药、有机金属农药，以及含硝基、酰胺、腈基、均三氮苯等基团的有机农药。在上述几大类有机农药中，论应用历史以有机氯农药为最长；论品种则以有机磷农药为最多。中国使用的有机氯农药主要是六六六和 DDT。西方国家尚有环戊二烯类化合物艾氏剂、狄氏剂、异狄氏剂等。这些化合物性质稳定，在土壤中降解一半所需的时间为几年甚至十几年。它们可随径流进入水体，随大气飘移至世界各地，然后又随雨雪降到地面。因此在南极洲和格陵兰岛也能检出有机氯农药。某些有机金属农药，例如有机汞杀菌剂，性质稳定，且降解产物的残留毒性相当严重，大多数国家已禁止使用。
无机农药应用的品种已经很少。在一些地区使用的无机农药主要是含汞杀菌剂和含砷农药。含汞杀菌剂如升汞（氯化汞）、甘汞（氯化亚汞）等，它们会伤害农作物，因而一般仅用来进行种子消毒和土壤消毒。汞制剂一般性质稳定，毒性较大，在土壤和生物体内残留问题严重，中国、美国、日本、瑞典等许多国家已禁止使用。含砷农药为亚砷酸（砒霜）、亚砷酸钠等亚砷酸类化合物，以及砷酸铅、砷酸钙等砷酸类化合物。亚砷酸类化合物对植物毒性大，曾被用作毒饵以防治地下害虫。砷酸类化合物曾大范围的使用在防治咀嚼式口器害虫，但也因防治面窄、药效低等原因，而被有机杀虫剂所取代。
各类农药并非都有残留毒性问题（见农药残留），同一类型不同品种的农药对环境的危害也不一样。农药的不同加工形式对农药在作物表面上的铺展和覆盖能力，对喷出的药液（或药粉）能否稳定地粘着在作物表面上，以及对农药能否穿透植物表面角质层又不致很快散失等都会产生一定的影响，从而使农药对作物污染的程度产生差异。此外，农药的不同剂型在土壤中流失、渗漏和吸附的物理性质并不相同，因而它们在土壤中的残留能力也有差异。
农药污染主要是有机氯农药污染、有机磷农药污染和有机氮农药污染。人从环境中摄入农药主要是通过饮食。植物性食品中含有农药的原因，一是药剂的直接沾污，二是作物从周围环境中吸收药剂。动物性食品中含有农药是动物通过食物链或直接从水体中摄入的。环境中农药的残留浓度一般是很低的，但通过食物链和生物浓缩可使生物体内的农药浓度提高至几千倍，甚至几万倍（见农药污染对健康的影响）。
农药在自然环境中是可以降解的。有机磷农药很容易降解。难于降解的有机氯农药在微生物、紫外线及其他因素的作用下也可缓慢降解。农药在生物体内也同样会发生代谢和降解。一般说来农药的降解或代谢产物的毒性比亲体小些。但有几种情况需要注意:一是有些降解或代谢产物的毒性比亲体强，如杀虫脒的降解产物4-氯邻甲苯胺对小白鼠的致癌性比杀虫脒亲体强得多。二是降解产物虽然毒性较小，但性质已发生变化，如有些农药的降解产物的溶解度升高了，危害性也就增强。三是有些农药亲体无毒其代谢产物有毒如二硫代氨基甲酸盐类中代森类杀菌剂形成的降解产物乙撑硫脲，对受试动物有致畸、致突变效应，亲体化合物则不会起这种作用。四是有些农药使用后的残留毒性是由药中所含杂质引起的如除莠剂245-T对动物具促畸作用是因为产品中含有杂质四氯二英。因此农药在什么样的自然环境中，以什么方式发生降解，是必须进一步研究的课题。关于农药的慢性毒性问题，除了有机汞类、245-T、杀虫脒等已有定论外大部分农药包括目前大量使用的农药还没有确切的结论。评价农药的慢性毒性时，除考虑对人体健康的影响外，还应考虑对生物的影响。
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