烟草种子的处理与加工主要是通过四种方法改进和提高种子质量。其一是把异作物和杂草以及无生命杂质分离出去；其二是清除劣质种子，提高种子质量等级；其三是应用植物生长剂、中微量元素、农药对种子进行处理，预防种传病害及提高种子活力；其四是包衣丸化，提高烟草种子综合抗逆能力。总之，处理与加工的最终目的是获取高净度、高活力、高耐贮性及无病虫侵害的烟草种子。烟草种子的处理与加工主要包括：收种、脱粒、干燥、精选、分级、浸种、消毒、再干燥、贮藏、包衣丸化、包装贮运等。
田间良繁生产的种子，在花枝蒴果半数（50％）以上呈褐色，其余蒴果也开始转褐色时便可进行蒴果（种子）的收获。收获后的蒴果在晾晒场地进行晾晒，直到蒴果全部干燥，便可进行种子脱离。在这期间要防止种子因水分、通风不畅发生霉变，从而影响种子的质量。
种子干燥处理是保证安全贮藏的前提，也是保证播种质量必不可少的环节一。经过充分干燥后的种子，可使其新陈代谢作用进行缓慢，从而延长种子寿命，保持较高的发芽率。同时还有杀虫和抑制微生物的作用。
种子是活的吸湿材料，结构复杂，水是其普遍存在的基本组成部分。由于种子是吸湿物质，其含水量取决于空气中相对湿度和温度，两者关系中的决定因素是存在于种子及周围环境中的水蒸气压力。当种子内蒸汽的压力大于周围环境中的压力时，水分就从种子内散发出来；当周围环境中的蒸汽压力大于种子内的压力时，水分就进入种子内；当水蒸气压力相等时，种子内的含水量与周围大气中的含水量基本处于平衡状态。根据这个原理，要干燥种子，必须使种子内的水分散发到周围的空气中。种子体内水分的散发率取决于种子的水分从体内转移到表面再转移到周围空气中的速率。而种子的温度、大气的温度、种子的物理结构和化学成份以及种皮的渗透性又直接影响着种子的水分从中心向表面转移的速度。同时，种子的表面的饱和程度及空气的相对湿度和温度又影响着表面水分散发的速度。
因此，降低种子水分，必须有一定温度的流动空气通过种子，才能收到良好较果。
在温度不变的条件下，干燥环境中相对湿度决定了种子干燥速度和种子的失水量。如空气的相对湿度小，对含水量一定的种子，其干燥的推动力大，干燥速度和失水量大，反之则小。但在烟草种子贮藏环境中相对湿度应在35%以下为宜。
温度是影响种子干燥的主要因素之一。温度高，一方面具有降低空气相对湿度，另一方面能促进种子内部水分的扩散和表面水分蒸发。但在贮藏条件下烟草种温不宜超过20摄氏度，15度以下最宜。
种子干燥过程中，吸附在种子表面浮游状的气膜层，能阻止种子表面水分继续蒸发。空气的流动快，则种子干燥速度快。
在种子干燥过程中，温度、湿度和气流速度之间存在着一定关系，温度越高，相对湿度越低，气流速度越快，则干燥效果越好。但对烟草种子而言，在干燥过程中必须确保不影响种子活力，否则失去了种子干燥的意义。
烟草种子的自然风干主要指蒴果枝在收获后，挂在专业晾房内自然风干，自然风干的另一作用是种子的后熟，利于进一步提高种子质量。自然风干的时间一般为15-25天。
晒种是烟草种子干燥最简易的方法，晒种要选择晴天，要求气温高、光线天，晒种不仅可降低种子水分，还可杀死部分病菌，激活种子内酶活性（见表1）。
种子干燥的设备很多，但目前实践的经验是利用烤烟机械烘烤设备，云南多年来采用北京普照公司的“烤霸” 系列烤机。一是采烟季节用于调制烟叶；二是种子收获时用于干燥入库；三是包衣种子生产期间用于包衣种干燥。烟草裸种、包衣种干燥温度控制在40-42C之间，温度差4-6C。不必开启通风口。时间在5-6小时，裸种含水量在7%以下，包衣种含水量在5%以下。3、烟草种子精选种子精选是利用种子物理特性的差异，用物理或机械方法将异作物和杂草以及无生命杂质清除，利用光、热、电等方法抑制病原菌，保持种子健康，提高种子的活力和种子的质量。种子的物理特性主要是指种子的大小（宽、厚、和长度）、重量（千粒重）、表面特性、颜色及带电性质等。
烟草种子收获后，首先就过筛选，采用30目铜筛隔大粒（片）杂质，采用50-60目铜筛过小粒（片）杂质和细尘。
差不大，难于清除，由于一般带病种子不能充分成熟甚至不能成熟形成秕粒，因此比健康（不带病）种子轻，这时要用风选方法清除杂质和秕粒。一般用小风箱和大风箱，方法以手感出种口种子净度为准。
水选是利用不同的比重，将杂质、病原物同种子分开。烟草种子水选一般是在包衣前或播种前，用大盆或在池内浸泡6-8小时，其中每小时搅动1-2次，取下层种子。水选一般可结合药品浸种进行。
机选是应用专业机械进行选种的方式，根据各地的实际情况，选用符合自身条件的种子精选器械进行种子的精选。
种子是传播烟草病原物最重要的途径之一，通常种子病害包括病原物存在于种子表面或内部，以及病原体或潜带病原体的病残体直接或间接混杂于种子之间。主要危害方式：一是危害种子本身，二是种传病害。种子带病率的高低，决定于当年良繁田发病的轻重以及种子处理加工的条件，种传病害危害的轻重，决定于种子带病率的高低及当年环境条件的适宜性。烟草种子处理与加工的目的之一，就是通过一系列对种子的操作控制和消毒处理减少烟草病害的发生。因此烟草病害的防治必须首先树立“健康”种子的概念，抓好种子的处理与加工工作。
烟草许多系统侵染的病害，在植株各部分都有病原物存在，病原物能以不同的方式，从种子的不同部位侵入，因此种子的任何部位都可传带病原物。
种子是各类病原物越冬、越夏的重要场所，一般说，它们是烟草病害的初次侵染来源。随着种子的调运，病原物可以无止境地进行传播。已知真菌引起的植物病害大约有3万多种，据Richardsoh《种传病害注释名录》记载，种传线多个种，细菌引起的病害约有300种，种苗传播的有122种，其中种子传带的75种。第三类为病毒带传。
精选、消毒后的裸种，采用洁净、无污染、无异味、防潮的材料与器械（棉布袋牛皮纸袋、干燥器、冷藏柜等），封装后进行储藏。
种子的包装要印刷、张贴标记或系挂标签，注明品种名称、种子类别（原种或良种）、级别、重量、产地、生产日期及营运单位全称。
要选择地势高，干燥向阳的地点建造仓库，要求牢固安全，不漏雨，门窗能密闭、能通风，有防潮设施，有存放架。库内禁止堆放易燃、易爆物品及化肥、农药等与种子无关的物资；要配备相应的库内器具和仪器（通风去湿设备、测温、测湿仪、消防器材等）。
b、管理专人管理，定期或不定期检查（储藏库环境条件检查、种子质量抽查等），做好种子出入库登记及事后处理。
a、每批种子必须附有“种子检验合格证”，表明发货、受货单位或个人的详细地址及邮政编码；
通过对烟草种子包衣丸化后（以下简称包衣），提高了烟草种子的抗逆性，使每粒微小种子就有其相应的价值。
包衣种子播入土中，种衣在种子周围形成保护屏幕，药剂和肥料从地下“小营养库”、“小药库”缓慢释放，被烟株内吸，传导到地上部位，起促进、防护作用。
（1）合适的酸碱度（PH）这是根据烟草种子萌发、生长、发育及贮藏、药效适宜的酸碱度范围所制定的。合适的PH值应在5.57之间。
包衣剂的粘合剂与烟种结合的粘度及牢度程度不应过高和过低。包衣种子的脱粒率不超过3%，单粒种子抗压力应不少于150g。
（3）良好的成膜性种子剂对烟草种子包衣后能迅速固化成膜，便于生产，种子粒、粒间互不粘连。
烟草种子包衣后要求室温300C，不溶化00C时不结冰，有效成份不降低，对种子安全，不影响种子活力，具有表现在以下两个方面：
（5）良好的缓释性种衣能透气并有再温性，在土壤中包衣种子只能吸胀而不溶于水。
被包衣的烟草种子率不低于98%，单粒率不低于95%。即包衣种子内烟草种子的有效粒及有效单粒数。
指一定时间内单粒包衣种子的裂解程度及一定数量包衣种子的裂解数。裂解度以单粒面积的8090%较好。裂解率以100%较好。
这里指两方面的含义：一是指种衣剂所用原料的纯度，所用活性组分，即原料的有效成份含量要高。二是指烟草种子的品种纯度要求达到有关标准。一般应采用原种包衣。
（9）较好的发芽力指包衣种子同不包衣种子在相同水平及条件下发芽力之差，应未达显著水平。
（10）对防治对象应有较高的生物活性一般是对指定的防治对象有较高的防治效果。
3、烟草种子本身应具备的条件烟草包衣种子成品质量包括烟草种子本身的质量（即未包衣种质量），则应具备以下条件：
（1）必须选用鉴定推广的优良品种。如果作为应用试验或示范的未审定推广的新品种，优良株系（品系），杂种优势利用的种子进行包衣，必须有专业人员负责包衣使用。
（3）必须使用经过检验后，确认纯度较高，经过加工精选的种子，避免人为的机械混杂及使用活力较低的种子。
（1）烟草良种包衣应集中安排，在种子基地或种子处理加工工厂内进行，其原因为首先包衣种生产属农药、化肥、复合材料、种子处理等的综合体，从安全性、技术性考虑，需有专门训练的技术人员掌握。其次集中生产，便于管理，便于技术集中，便于开发适合烟草生产的新产品。再次由于分散生产仅限于季节性，易造成人力，物力浪费，产品质量难以保证。
将规定量的烟草种子倒入包衣机内，然后启动旋转开关，待旋转稳定后，喷入配好一定浓度的粘合剂后即施加包衣剂，如此反复数次，使其成型，即可加入规定量的杀菌剂，当包衣种子直径达1.2mm时再加入规定比例的肥料、杀虫剂及包衣剂，直到直径为1.51.8mm时，再施加一定包衣剂定型直径为1.82.0mm。然后将包好种在包衣机锅体内转动抛光20分钟，再加入色料溶液和粘合剂，控制温度不超过300C时进行鼓风吹干，然后取出包衣种子进行自然干燥或机械干燥，经检验后，通过包装机根据生产需要用封装材料（聚酯、铝箔或聚乙烯复合膜）进行量化封装，最后装箱转入成品仓库。
（1）包衣种子作为烟草生产的一种生产资料，应注意使用的宣传工作，防止误食，勿作喷雾使用，以免中毒。
（2）各种剂型的包衣种子属种子专用，也作为定型产品使用，不需加其它化肥及农药作为另行包衣或在播种时苗床上加入碱性肥料及农药，以免包衣失效或造成作物药害。一般幼苗十字期前不准施用任何化肥。
包衣种子的精确播种量是根据几年的试验数据参考制定。主要以田间出苗率、幼苗假植可利用苗、包衣种子千粒重为依据，并参照每亩大田需45平方米苗床净面积上的最终可用苗。具体的播种量(克数)应按包衣种子的千粒重计算目前烟草包衣种子的千粒重据倍数的大小有2克、4克、6克、8克、10克五种，如千粒重为4克，每平方米则需1620克，千粒重8克，则需3240克，其它依此类推。如田间管理较好，种子质量较高，出苗率有可能达70%
采用漂浮盘或湿润盘育苗，一般每穴（孔）播1～2粒包衣种，以保证生产用苗。
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